À titre de civil, John MacKenzie fit des études d'ingénieur et travailla au sein de la compagnie de son oncle, laquelle a construit et exploité le Chemin de fer canadien du Nord. Lorsque la Première Guerre mondiale éclata, John MacKenzie était lieutenant au sein du Fort Garry Horse, mais, assoiffé d'action, il obtint une mutation au sein du 8th Canadian Infantry Battalion. Dès 1915, il occupa, en France, des postes hiérarchiques et d'état-major.

Le 4 août 1916, John MacKenzie fut blessé alors qu'il dirigeait un détachement chargé de couper les barbelés dans le cadre d'une contre-attaque au Mont Sorrel. Cela ne l'empêcha cependant pas d'accomplir sa mission et de ramener à l'abri les autres blessés de sa section. Sa bravoure fut reconnue dans le cadre de la cérémonie de remise des récompenses de la nouvelle année, en 1917, où il reçut l'Ordre du service distingué (DSO).

La première agrafe à son DSO lui fut décernée pour son courage exceptionnel et son dévouement. Il a fait preuve d'un très bon jugement et de beaucoup d'habileté en menant son bataillon à l'attaque à Arleux en Geville, le 28 avril 1917. Le succès de cette attaque est en grande partie due à sa capacité d'évaluer rapidement la situation. Par la suite, il fit personnellement trois (3) reconnaissances, sous un feu nourri, afin d'obtenir des informations à l'intention de l'artillerie, et ses comptes rendus se révélèrent précis et d'une grande valeur.

À la suite de la réorganisation du Génie canadien en 1918, il fut choisi pour commander le 1st Engineer Battalion. Une fois de plus, il fit plusieurs reconnaissances de jour, malgré le feu de l'ennemi, afin d'obtenir cette fois-ci l'information nécessaire au choix des sites de pont. À Douai, il prit la situation en main pendant que l'ennemi battait en retraite sur le Canal de la Sensee et sous un tir intensif, il supervisa avec le plus grand calme, la construction de deux (2) ponts donnant ainsi un exemple qui encouragea naturellement tous les militaires. Les deux ponts furent construits en moins de six heures et contribuèrent largement au succès de la bataille étant donné que, pendant deux jours, ils furent les seuls moyens de franchir le canal. John MacKenzie reçut une deuxième agrafe à sa décoration DSO pour l'ensemble de ses actions. Les Français lui décernèrent la Croix de Guerre pour sa bravoure et ses actions à l'est d'Amiens, le 9 août 1918. Jusqu'à la fin de la guerre, il fut mentionné à quatre reprises dans les dépêches.

John MacKenzie était major de brigade au QG de la 1st Brigade Canadian Engineers. Après la guerre, il fut actif au sein de plusieurs unités de la Milice, dont la 6th Field Company à Vancouver. En 1940, il fut nommé CRE de la 2nd Canadian Division Engineers au grade de lieutenant-colonel et, au début de 1942, il occupait le poste de quartier-maître général au quartier général militaire canadien (QGMC) au grade de major-général. Entre temps, il avait été directeur des travaux au QGMC et commandant de la 6e Brigade d'infanterie outre-mer. En 1943, il devint inspecteur général du Secteur de l'ouest des Forces militaires. Au moment de sa retraite en 1940, le major-général MacKenzie fut reçu Compagnon de l'Ordre du Bain (CB). Entre 1948 et 1960, il fut colonel honoraire du 7e Régiment de génie.